黄埔研究院/研究生院内设综合办公室、科技创新和成果转化办公室、学生培养和管理办公室三个机构。具体机构职责如下：

综合办公室，负责校区和黄埔研究院/黄埔研究生院的日常工作运行，包括校区资产管理、党建、宣传、工会、人事及公文、档案管理、会议组织、来访接待、校区资源配备协调、与属地行政对接、与校区保障相关职能部门对接工作等。

科技创新和成果转化办公室，负责科研平台建设与管理、科技创新、科技成果转化、科研成果挖掘与跟踪、院企技术对接与撮合、博士后工作站运营与管理、实验室管理、对外交流与合作、协助学校开展大学科技园工作等。

学生培养和管理办公室，负责黄埔校区研究生和本科生的教学管理、公共课室管理，负责研究生和本科生的日常事务管理，包含校园文化建设、学生思想政治教育工作、心理咨询、宿舍管理等工作。