“一中心两院”内设综合办公室、发展与保障办公室、学生培养和管理办公室三个机构。具体机构职责如下：

综合办公室，负责校区和“一中心两院”的日常工作运行，包括校区资产管理、党建、宣传、工会、人事及公文、档案管理、会议组织、来访接待、校区资源配备协调、与属地行政对接、与校区保障相关职能部门对接工作等。

发展与保障办公室，负责校区后勤服务、资产清查和管理、实验室与设备管理、博士后工作站运营与管理、信息收集平台管理、科技报告厅和科技展厅的日常管理、组织交叉性学术活动等工作。

学生培养和管理办公室，负责黄埔校区研究生和本科生的教学管理、公共课室管理，负责研究生和本科生的日常事务管理，包含校园文化建设、学生思想政治教育工作、心理咨询、宿舍管理等工作。