第一期：海丝知识中心部分

广州大学黄埔研究院/研究生院（第一期）建设主要由院士和学科领域领军人才领衔的高水平科研机构，设置网络空间安全学院、计算科技研究院、人工智能与区块链研究院、智慧交通与安全研究中心、智能通信工程研究中心、新型信息功能材料研究中心、黄埔氢能源创新中心等七个高水平科研机构，作为支撑计算机科学与技术、网络技术、人工智能与区块链、生物计算、通信工程、智慧交通、数字经济、新型信息功能材料以及氢能源等学科领域研究生培养和相关产业技术领域的科学研究、技术研发以及成果转化应用的平台。

设立黄埔研究院/研究生院行政管理办公室和研究生工作办公室，作为学校管理黄埔研究生院建设和运行的派出机构，落实学校与黄埔区政府的沟通协调任务，承担黄埔研究生院的党建、研究生教育、科研管理以及综合辅助服务职能。

第二期：中新广州知识城教育科研枢纽部分

广州大学黄埔研究院/研究生院（第二期）拟采用三部（研究生教学部、研究开发部、综合服务管理中心）和一基地（科技企业孵化基地）的扁平化组织架构，统筹计算机科学与技术、网络空间安全、人工智能与区块链、信息与通信工程等四个主要学科和学院的研究生培养、科学研究、技术转移和企业孵化职能。

研究生教学部负责研究生公共课、基础理论课的教学管理，协调各学科科研平台开展研究生跨学科培养。

研究开发部负责统筹推进计算机科学与技术、网络技术、人工智能与区块链、通信工程、智慧交通、数字经济等领域的学位点建设、交叉融合创新、产业技术开发和转移。研究开发部下设若干个高水平科研平台以及技术转移中心。

科技企业孵化基地利用研究生院内专门的场地和设施，通过引进创业项目、创业导师和第三方创业服务机构，为师生的科研成果提供创业咨询、辅导、融资和孵化服务，促进研究生院的科研成果的在地转化应用。

综合管理服务中心作为学校的派出机构，就黄埔研究院/研究生院的建设和运行与黄埔区政府进行沟通与协调，承担黄埔研究院/研究生院的党建与研究生教育管理、科研管理以及辅助服务职能。